A análise microbiológica nos sistemas biológicos é uma importante ferramenta de monitoramento e controle das estações de tratamento de efluentes. Os microrganismos são excelentes bioindicadores e a presença ou ausência de determinadas espécies é um indício das condições de operação do sistema.
No monitoramento dos sistemas de lodos ativados a análise microbiológica é de extrema importância. Alterações na população de microrganismos de ordem qualitativa ou quantitativa são indicadoras de alterações do grau de depuração da matéria orgânica do efluente tratado.
A observação qualitativa da diversidade da fauna do lodo biológico ao microscópio nos informa perfil da cadeia alimentar e de uma forma aproximada a idade do lodo e a carga orgânica aplicada.
É de grande auxílio na prevenção e combate a problemas de flotação e intumescimento do lodo (Bulking do lodo).
Nos sistemas de lagoas aeradas a análise microscópica é determinante no controle das algas.
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